Në shtator të vitit 1922 Arkimandrit Visarion Xhuvanin e gjejmë pjesëmarrës në Kongresin e Beratit, në të cilin u propozua kandidat për episkop. Më tre maj të vitit 1925 Arkimandrit Visarioni, u dorëzua në gradën episkopale në Hercegnov (Kotor) prej dy episkopëve rusë Ermogenit të Ekaterinosllavit dhe Mihailit të Aleksandrovskit. Imzot Visarioni ishte në krye të të gjitha përpjekjeve që bëheshin për njohjen e autoqefalisë dhe për organizimin strukturor hierarkik të kishës shqiptare. Mendimet dhe pikëpamjet e tij për këtë problem i botoi më 1926 në veprën në dy pjesë me titullin: “Çështje politiko-religjoze, Kostandinopojë – Tiranë”. Imzot Visarioni duke u mbështetur në ndihmën e pakursyer që i premtoi qeveria dhe mbreti, si dhe me shpresë se do të gëzonte përkrahjen e Kishave Ortodokse të Serbisë dhe të Rumanisë, mori përsipër të zgjidhte problemin e autoqefalisë të Kishës Ortodokse.
Në vitet 1925-1926 qeveria shqiptare filloi negociatat me Patriarkanën Ekumenike për njohjen e autoqefalisë. Sinodi i Shenjtë i Patriarkanës atëherë vendosi të njohë një autonomi të kufizuar të Kishës Ortodokse të Shqipërisë. Në vitin 1926 Patriarkana Ekumenike dërgoi në Shqipëri Mitropolitin e Trapezuntës Krisanthin si eksark patriarkal që të bisedonte për çështjen e autoqefalisë, por pa ndonjë rezultat konkret sepse qeveria shqiptare kërkonte autoqefalinë e plotë dhe pa kushte. Në vitin 1929 kur Imzot Jerotheu u detyrua të largohej nga Shqipëria për t`u vendosur në Malin Athos, ndërsa Imzot Kristofor Kisi vendosi që të qëndronte vetëm si murg i thjeshtë, do t’i vinte radha Imzot Visarion Xhuvanit të merrte drejtimin e kishës. Por që të sanksionohej plotësisht autoqefalia e Kishës Ortodokse të Shqipërisë nevojitej të krijohej një sinod, i cili do të udhëhiqte kishën. Që të formohej Sinodi i Shenjtë nevojiteshin të paktën katër episkopë, ndërsa në Shqipëri në atë kohë ekzistonte vetëm një episkop që ishte Imzot Visarioni. Për të dorëzuar episkopët e tjerë nevojiteshin të paktën dy mitropolitë, prandaj u kërkua ndihma e episkopit serb Imzot Viktorit (i cili ishte Vikar i Patrikut Dhimitër në qytetin e Shkodrës).
Kështu më 12 shkurt të vitit 1929 u bë dorëzimi i episkopëve dhe disa ditë më vonë më 18 shkurt 1929 Imzot Visarioni me mbështetjen e qeverisë shqiptare do të formonte Sinodin e Shenjtë të Kishës Ortodokse Autoqefale të Shqipërisë, i cili përbëhej nga Fortlumturia e Tij Visarioni, Kryepiskop i gjithë Shqipërisë, që kishte në juridiksion Mitropolinë e Korçës, Imzot Agathangjel Çamçe, Mitropolit i Beratit, Imzot Efthim Eugjeni, Mitropolit ndihmës i Kryepiskopit dhe Imzot Ambrosi, Mitropolit i Drinopulit (Gjirokastrës). Mesha e parë episkopale u celebrua më 24 shkurt të vitit 1929 në Kishën e Shën Gjergjit në Korçë.
Fortlumturia e Tij, Visarioni menjëherë filloi të konsolidonte strukturat e Kishës Ortodokse Autoqefale të Shqipërisë. Kështu më 16 qershor të vitit 1929 thirri Kongresin e dytë Kleriko-laik në qytetin e Korçës, i cili plotësoi Statutin e Kishës Ortodokse Autoqefale të Shqipërisë të miratuar në Kongresin e Beratit. Kongresi i Korçës vendosi krijimin e një këshilli për administrimin e pasurive të kishës. U vendos ndarja kishtare në bazë dioqeze duke formuar dioqezat e Korçës, Durrësit, Beratit dhe të Gjirokastrës. Prej vitit 1922 e deri më 1929 qendra kishtare ishte Korça, ndërsa duke filluar nga viti 1930 kaloi në Tiranë, duke marrë emrin Mitropolia e Tiranës, Durrësit dhe e Elbasanit. Kryepiskop Visarioni, vazhdoi punën me organizimin e strukturave të kishës duke çelur në Durrës një kurs për përgatitjen e priftërinjve, i cili më 1930 u kthye në një Seminar katërvjeçar. Dërgoi studentë nëpër Universitetet Teologjike jashtë shtetit dhe më pas krijoi një komision për përkthimin dhe botimin e librave liturgjikë në gjuhën shqipe etj.
Në vitin 1931 Fortlumturia e Tij, Visarioni me ftesë të Lordit Dikson mori pjesë në Kongresin e Aleancës Ndërkombëtare për Paqe në Kembrixh të Anglisë. Në vitin 1932 u prit në audiencë nga Mbreti i Rumanisë Karoli II. Gjithashtu mori pjesë në Konferencën e Bashkimit Botëror të Kristianizmit që u mbajt në Bukuresht, ku zhvilloi bisedime me Patrikun Miron, i cili shprehu simpati për Kishën e Shqipërisë. Në shtator të vitit 1933 Kryepiskop Visarionin e ftojnë në mbledhjen e Këshillit Botëror për Miqësinë e Popujve që u mbajt në Sofje të Bullgarisë. Gjatë ditëve të qëndrimit në Sofje, Fortlumturia e Tij Visarioni u dekorua nga Mbreti i Bullgarisë Boris me urdhërin “Kryqi i madh kombëtar i Bullgarëve”. Në 30 qershor të vitit 1935 Kryepiskop Visarioni referoi për “Gjendjen aktuale të kishës me shtetin dhe influenca e kishës në shoqërinë kristiane të Shqipërisë” në Konferencën e Kishave të Ballkanit që u mbajt në Herzegnov të Jugosllavisë. Pjesëmarrës në mbledhjen e Përbotshme të Kishave në Montreux të Zvicrës që u mbajt në gusht të vitit 1935. Në saje të aktivizimit të Kryepiskop Visarionit nëpër aktivitetet ndërkombëtare, qëndrimi i disa kishave ortodokse ndaj kishës sonë filloi të ndryshojë. Kjo u duk në telegramet e urimit për Krishtlindjet e vitit 1935 që mori Fortlumturia e Tij, nga primatët e kishave të Serbisë, Rumanisë, Polonisë dhe të Bullgarisë.
Patriarkana Ekumenike i shkishëroi episkopët e Sinodit të kryesuar nga Imzot Visarioni. Gjithashtu Sinodin e ri të Kishës Ortodokse Autoqefale të Shqipërisë e njohu vetëm Sinodi i Kishës ruse në emigracion. Fortlumturia e Tij, Visarioni i dërgoi një telegram Patriarkanës Ekumenike me anën e të cilit kërkonte ndjesë, por asnjëherë nuk mori përgjigje. Patriarkana kërkonte me çdo kusht dorëheqjen e tij, derisa në vitin 1936 Kryeepiskop Visarioni dha dorëheqjen nga kryesia e kishës.

Fig.1 Arkimandrit Visarion Xhuvanin në mes të pjesëmarrësve të Kongresit të Beratit, shtator 1922.

Fig.2 Më tre maj të vitit 1925 Arkimandrit Visarioni, u dorëzua në gradën episkopale në Hercegnov (Kotor) prej dy episkopëve rusë Ermogenit të Ekaterinosllavit dhe Mihailit të Aleksandrovskit

Fig.3 Më 18 shkurt 1929 Visarioni Xhuvani me mbështetjen e qeverisë shqiptare formoi Sinodin e Shenjtë të Kishës Ortodokse Autoqefale të Shqipërisë, i cili përbëhej nga Fortlumturia e Tij Visarioni, Kryepiskop i gjithë Shqipërisë, që kishte në juridiksion Mitropolinë e Korçës, Imzot Agathangjel Çamçe, Mitropolit i Beratit, Imzot Efthim Eugjeni, Mitropolit ndihmës i Kryepiskopit dhe Imzot Ambrosi, Mitropolit i Drinopulit (Gjirokastrës). Mesha e parë episkopale u celebrua më 24 shkurt të vitit 1929 në Kishën e Shën Gjergjit në Korçë.

Fig.4 Kongresi i dytë Kleriko-laik në qytetin e Korçës, 16 qershor1929.

Fig.5 Kryepiskop Visarioni me personelin kishtar, Tiranë 1931

Fig.6 Kryepiskop Visarioni me hierarkët gjatë një ceremonie zyrtare në Tiranë

Fig.7 Kryepiskop Visarioni në panairin e Shën Gjon Vladimirit në Elbasan

Fig.8 Kryepiskop Visarioni në panairin e Shën Gjon Vladimirit në Elbasan